Namun di dalam negeri, warisannya kontradiktif. Ia digambarkan hidup sederhana di kompleks perumahan di Teheran, jauh dari gemerlap kekuasaan . Namun, kebijakannya terhadap perbedaan pendapat sangat represif.
Gelombang protes besar, mulai dari mahasiswa tahun 1999, gerakan Hijau 2009, hingga demonstrasi besar-besaran pasca-kematian Mahsa Amini pada 2022, direspons dengan kekerasan aparat yang mematikan.
Ribuan pengunjuk rasa tewas, dan puluhan ribu ditahan . Sanksi internasional yang berkepanjangan juga membuat ekonomi Iran terpuruk, memicu kemiskinan dan emigrasi besar-besaran warga terdidik.
Di tahun-tahun terakhirnya, Khamenei tampak semakin rentan. Serangan Israel terhadap fasilitas nuklir dan pembunuhan komandan kunci seperti Qasem Soleimani (2020) oleh AS memperlemah poros perlawanannya.
Di dalam negeri, krisis ekonomi memuncak. Pada awal 2026, gelombang protes baru pecah dan digambarkan sebagai yang paling mematikan dalam sejarah, dengan ribuan demonstran tewas.
Di tengah ketegangan yang memuncak, AS di bawah Presiden Donald Trump meningkatkan ancaman militer jika Iran tidak menyetujui kesepakatan nuklir baru.
Khamenei, dengan sikap kerasnya yang khas, menolak ultimatum itu.
"Orang Amerika harus tahu, jika mereka melancarkan perang, kali ini ini akan menjadi perang regional," ancamnya pada akhir Januari 2026.
