Dia melihat kecenderungan politisasi aparat penegak hukum dalam berbagai kasus seperti penegakan hukum yang cenderung selektif; penyikapan aparat terhadap kelompok kritis; hingga potensi keterlibatan dalam dinamika politik elektoral sangat terang benderang. Hal ini kalau terus dibiarkan justru akan merusak kedudukan dan fungsi Polri sebagai alat negara.
"Ini bukan karena persoalan instrumental atau kultural tetapi akibat struktur vertikal Polri yang sepenuhnya di bawah eksekutif tanpa kontrol publik yang efektif. Kecenderungan tersebut bersifat sistemik. Apalagi pada rezim pemerintahan sebelumnya," tegasnya.
Karena itu, menurut Mulyanto Reformasi Polri Jilid Dua sangat perlu. Reformasi itu perlu untuk memperbaiki aspek instrumental dan kultural dan aspek struktural serta sistem kekuasaan di tubuh Polri.
"Reformasi Polri ini mestinya diarahkan secara struktural, agar polisi tidak melulu di bawah kontrol kekuasaan, tetapi di bawah kontrol publik, melalui peningkatan akuntabilitas publik," ungkap Mantan Sesmenristek era Presiden SBY ini.
Selain itu, Mulyanto berharap, penguatan Kompolnas sebagai lembaga pengawas independen menjadi sangat penting. Ke depan Kompolnas harus menjadi lembaga independen dengan kewenangan audit, pemantauan kasus, dan rekomendasi yang akurat dan bersifat mengikat.
