Menurut dia, Pasal 39 ayat (1) menimbulkan ketidakjelasan mengenai status ibu kota negara dalam sistem hukum nasional.
Dia mendalilkan, di satu sisi Jakarta tidak lagi dinyatakan sebagai ibu kota negara dalam Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2023 tentang Daerah Khusus Jakarta. Di sisi lain, pemindahan ibu kota negara ke Nusantara belum berlaku karena syarat konstitutif yang ditentukan oleh Undang-Undang Ibu Kota Negara belum terpenuhi.
Maka dari itu, dalam permohonannya, Zulkifli meminta kepada MK agar pasal tersebut dimaknai menjadi sebelum keputusan presiden tentang pemindahan ibu kota negara keluar, Jakarta tetap menjadi ibu kota Republik Indonesia.
Namun, Mahkamah menolak permohonan tersebut.
Dalam pertimbangan hukum, MK menyatakan tanpa pemaknaan seperti yang dimohonkan pemohon, Pasal 39 ayat (1) Undang-Undang Ibu Kota Negara memang telah mengatur bahwa kedudukan, fungsi, dan peran ibu kota negara tetap berada di Jakarta sampai dengan ditetapkan keputusan presiden mengenai pemindahan ke IKN.
“Dalam konteks permohonan a quo (ini), berlakunya waktu pemindahan ibu kota negara ke Ibu Kota Nusantara tergantung pada penetapan dan pemberlakuan keputusan presiden dimaksud,” demikian pertimbangan Mahkamah.
Maka dari itu, MK menyimpulkan, dalil pemohon yang menyatakan norma Pasal 39 ayat (1) Undang-Undang Ibu Kota Negara bertentangan dengan konstitusi tidaklah beralasan menurut hukum.