Dengan kekayaan bawah laut yang dimiliki, tak heran jika Nusa Penida dianggap sebagai salah satu tujuan wisata penyelaman bertaraf internasional. Pulau ini telah teridentifikasi oleh komunitas penggemar diving yang memiliki lebih dari 20 lokasi penyelaman. Beberapa titik penyelaman yang populer antara lain Manta Point, Toyopakeh, Crystal Bay, Malibu Point, dan Teluk Suana. Salah satu daya tarik yang menjadi kekhasan titik-titik penyelaman di perairan Nusa Penida adalah keberadaan ikan mola-mola dan ikan pari (manta ray) yang dapat ditemui saat cuaca memungkinkan.

Bagi pengunjung yang tidak memiliki lisensi untuk menyelam, dapat memilih snorkeling sebagai aktivitas alternatif. Beberapa titik yang umum direkomendasikan untuk aktivitas snorkeling antara lain Toyopakeh, Crystal Bay, dan Manta Bay. Baik di Nusa Penida maupun Nusa Lembongan, terdapat penyedia jasa paket perjalanan snorkeling ke beberapa titik sekaligus di sekitar kedua pulau ini, seperti Crystal Bay-Toyopakeh-Jungut Batu yang dapat dijelajahi dalam perjalanan selama 3-4 jam. Paket-paket snorkeling ini ada yang menggunakan perahu jukung milik nelayan, perahu berukuran lebih besar, maupun speedboat, tergantung jumlah dan anggaran dari setiap pengunjung. dilansir indonesiakaya.com