Yonif 621/Manuntung menjalankan tiga tugas pokok utama yang dibebankan di pundak 450 prajurit yang tersebar di 16 pos itu. Tugas pertama yaitu menjaga 4.202 patok perbatasan. Kedua, mencegah segala bentu kegiatan ilegal seperti illegal logging, illegal mining, human trafficking, penyelundupan barang terlarang.

Ketiga, mencegah terjadinya disintegrasi bangsa di sepanjang 362,07 kilometer wilayah perbatasan. Meskipun beban tugas yang diamanatkan cukup berat mengingat medan yang dihadapi meliputi kawasan hutan, gunung, lembah hingga sungai berarus deras yang menantang, namun Yonif 621/Manuntung bertekad menyelesaikan penugasannya dengan baik dan tuntas.

Tekad tersebut sejalan dengan motto Yonif 621/Manuntung yang berbunyi “Awal Sampai Akhir”. Yang menurut sejarah satuan, istilah ‘Manuntung’ berasal dari Bahasa Banjar ‘TungTung’ yang artinya tuntas.

Motto tersebut juga sejalan dengan motto Kodam VI/Mulawarman “Gawi Manuntung Waja Sampai Kaputing” yang memiliki kesamaan makna dengan “Do it until it’s done”, atau yang dimaknai prajurit dengan bekerja keras sampai tuntas.

Kegiatan teritorial yang dilakukan satuan ini antara lain mencegah disintegrasi bangsa di wilayah perbatasan menggunakan metode Pembinaan Teritorial (Binter), seperti penyuluhan kepada warga, serta pelatihan di sekolah-sekolah dengan menjadi Tenaga Pendidik (Gadik), dan mengajar PBB, Pramuka, Wawasan Kebangsaan, dan Bela Negara.